上海市松江区即古代的松江府，明代官府在这里建造水次西仓，松江府所征收的漕粮半数以上贮于仓城，松江也就成为了重要的漕粮仓储地和漕运始发地。仓城同时也带动了当地米业的兴旺，市河两岸宅第、商铺鳞次栉比，就有了“苏松税赋半天下”之说。
据传，为了祈祷北上的漕运船只顺利平安，往来的商人生意兴隆，当地居民镇宅平安。明代天启二年，在松江仓城建造了一座关帝庙，因关帝庙所在地位于水次仓，庙即以水次仓冠名为“水次仓关帝庙”，这座庙成为了人们祈神护佑的心灵福地。
清代乾隆年间，水次仓关帝庙被易名为“灌顶禅院”，供奉弥勒佛、如来诸菩萨。“灌顶”二字取自《楞伽经》：“能见自心妄想流注，无量刹土诸佛灌顶。”其意是如果能见到自心妄想流住，了知自心的虚妄境界，无量佛土的诸佛都会为您灌顶。
《华严经》中说：“善根具足，诸行究竟，一切如来，所共灌顶。”意思是如果善根圆满，菩萨行究竟，那么一切如来都会为你灌顶。自从水次仓关帝庙易名后，关公庙也就完成了向佛教禅院的华丽转身，并与佛教文化紧密连接在一起。
水次仓关帝庙初建时香火旺盛，后随着大运河的淤塞，清代起漕粮改由海上运送等因素，松江仓城的粮食储存和转运作用开始不断削弱乃至废弃，庙内的香客减少，寺庙逐渐破旧，水次仓关帝庙的历史也因年久失修而被尘封于此。
近年来，当地政府对灌顶禅院予以保持原貌的翻建整修，然而只有历史建筑，而没有文化内涵的寺庙是很难让人有所